分六：丙一、总析义。丙二、三藏义。丙三、密乘之别要。丙四、自性果。丙五、根据。丙六、于薄伽梵事业恭敬赞叹并回向忍赦。
丙一
今初、二颂：
世尊一切续之中 外面共同所显现
内面气脉明点等 其他遍计佛真言
具有垢净之证境 与无垢慧为二种
一切胜义与世俗 戏论离戏论所说
此上诸品所说次第，因佛一切智，分为四部。一切外、世间共同，如说诸吠陀，显现世间界内。所言气、脉、明点、金刚身，余所分别坛城，诸轮，诸本尊咒等。又一切烦恼所知垢染，尽其所有为所净根本。无垢之如所有、尽所有智，为究竟果。彼等一切，依于二谛名句文等，诸戏论，庄严为世谛。无能、所取，一切相离戏论之真实，为胜义谛。由一切有情根器分别不同，故有无量不同法门。《庄严经论》云：
诸佛于有情， 为饶益彼故，
胜共二相法， 如是正宣说。
此上为总义。
丙二、三藏
一、对法，此中分内，外二种
外对法者，颂半：
能作外者无他者 缘起所现与自现
由分别不相应行 情器粗细名句等
文字及与方时等 佛谓外面之对法
此中因有情分别堕落，为向上引导，故说无外事作者等。有时之由缘起，说显现之身心。有时说外世间显现，由于内心所显，为当断诸法。如是建立对治之相，《集论》、《俱舍》等所云，摄于本颂矣。
其内对法者，四颂：
如彼外相内亦真 脉与身形配世间
由气之语能生字 明点配曜与星宿
河流火等决定云 如同闭目不见色
开目则能见彼色 揉目则能见二月
不知所以约束义 难见自在之智慧
所依能约则能见 虽无外面能显余
显亦遍计佛坛城 此则是谓内对法
别说佛尊与坛城 地道与夫到彼岸
如外所有与内相配，颂中已说，如前内心与外世间相配已详。此中方便善巧差别者，世间人眼闭不见色登，开则见月，揉目则见两月；如此喻欲趋入真道有情，外对治法虽然应断，其对治之理，虽明不能速达；于气脉明点，不能了知，不能见三有涅槃无差别之智；于气脉等了知已，而加以约束修习，十相显现，现证乐明无念功德，及显空无二智，比如开目也。
第二、经藏之理
一颂：
真言具咒菩提分 得遍住背舍等定
说为深广之法门 名密经与到彼岸
如《薄伽梵经》中所云，外内余三外。外对、内对法详前，余即指本尊坛城。又深广之法者，十地、五道、十度，陀罗尼咒、密咒、地道等，三十七道品，生圆支分、十遍住定，十背舍定，自利利他等定会合，是为深广之法。如上为密乘，为般若乘是也。
第三、律藏
颂半：
外身口戒三所摄 具自性之所摄成
于内为自他二利 令不愚痴发胜心
能转烦恼为智慧 此故名为内戒律
如薄伽梵于律藏所说，外身、口防护，断除性罪、遮罪，与律相应，是为自身现证涅槃者，为外戒。内者，为利自他，意不愚痴，依于胜义，发起菩提心，戒多善巧差别，无非令尽所有烦恼，转为智慧，除烦恼罪，济三有有情。故密宗戒属内戒。
如上三藏相顺，故名为持明藏。
丙三、别别了知密宗之需要
颂半：
由了知戒与经部 能得声闻之果位
方便善巧内义广 能知如来藏之理
能作证得之果道 最快得最上胜位
了知戒者，为小乘之必要；由戒藏、经藏，证声闻果。比前更胜者，当具深广之理，是经藏为必要。别说于彼广大善巧方便，当知金刚乘；其最需要者，为通达如来藏，获得无上圆满菩提。一切密续已述，本论亦略摄共、不共异名理趣矣。
丙四、 总析果
四颂：
一切所知智自性 障此即为迷妄念
一念忽然而生起 行蕴即由此出生
不能见真只见妄 现前入于泥妄念
可怜幼童入轮回 内外余三之智慧
证得即为佛自性 所有世俗之二显
如同水月义当知 胜义十八之空性
见无分别如一味 烦恼所知与定障
离此三障自明智 尽所如所二智明
初析俱生智体，一切所知之智自性，如前已述。根现量，意现量，自证现量，如此一切若以真实瑜伽认持已，是为一切现量俱生智本体。尔时能、所知尽其所有，一切正见摄持矣。于因果能别别观察，为妙观察智，及自体空智。于后得自在已，故能示现彼力，为成所作智。一切平等，为平等性智。安住真如不动，为大圆镜智。颂云：
无欺无虚是法尔， 诸相现证于菩提，
远离于垢染习气， 佛陀所证涅槃者，
胜义之中无二分。
如上为法界体性智，为一切智自性。
若尔，彼智之障，从何所生耶？答：
由忽然念起，如前已及；染污意为根本，由彼执我、我所而出生。
法称论师云：
有我故执他， 令他起贪嗔，
与彼等相合， 出生一切罪。
如上现行已，不能安住真实，而于非实，执迷错乱，如见阳焰为水，如颂已喻。苟能离能知、所知之执着，则得成佛。颂云：“所有世俗之二显，如同水月义当知，胜义十八之空性，见无分别如一味。”此理当善通达，离于三障。《庄严经论》：
吝嗔等分别， 许为烦恼垢；
分别三轮相， 许为所知障。
另一则定障。如是三障清净已，二谛真实，由观察智可了知，如所有、尽所有智。《庄严经论》：
如所、尽所中， 智见清净故，
集合不退众， 具无上功德，
众生本涅槃， 如所有见故，
自性清净故， 烦恼本净故，
所知究竟慧， 一切智法尔，
一切有情具， 尽所有见故，
如此诸通达， 各各自智明，
无垢空无著， 无碍故清净。
如上通达已，为通达究竟之果。
丙五、本论根据
四颂：
此故金刚乘之中 所说本性应当知
于内义中约略述 广说则具足无量
由诸佛子所注疏 于彼若广为参考
此论则为趋入门 甚深内义之所述
非由我私见所作 为一切智薄伽梵
佛所说者我所编
由诸善巧秘密主 注释之力为所依
金刚乘中之内义 不颠倒者我得到
世尊具足虚空智
如上诸品所说，集诸密续之大要，于广大智慧内、外、余三坛本尊，欲详加参究，可遍阅诸菩萨之注；本论有如入彼之门焉。本论非出自杜撰；由一切智所说密宗要义，吾特为摄集之耳。
或谓义具六边抉择，不尔难乎？
答，虽然如是，以能结集菩萨秘密主，及文殊、观音等注解、大阿阇黎龙树父子，及吉祥萨拉哈、莲花生、及八大自在瑜伽士，与大善巧底补巴、时轮足、吉祥大谛洛巴，及其他出生善巧成就诸大德，与已见真实金刚乘诸上师注疏之力，盖由慧眼所见，非出自自造也。
丙六、对薄伽梵恭敬赞叹及回向
分三：丁一、赞叹 丁二、回向 丁三、请忍赦
#### 丁一
今初：
如同太阳轮之中 于十方世界轮回
显现无数之色身 语如天鼓任运生
不必造作之经续 如虚空界无勤勇
普令众生皆闻之 心意有如如意宝
无须精进俱生智 为利具有戏论者
宣示无戏论之经 有情具俱生烦恼
此不能增彼之染 故当于本来世尊
我致恭敬之膜拜
由佛成办无上金刚乘，究竟作已，战胜一切违品。在一切法中，解脱其身业者，具虚空身，无为任运，成办自体，第八识灭除，清净无生亦无灭，涅槃大究竟。月称论师云：
所知之薪能烧火， 内彼寂静佛法身，
尔时无生亦无灭， 心灭现证佛法身。
所净根本为心第八识，灭已，其对治之名为证智见如来。法界极清净故，为虚空身。彼等流顺因，由极甚深成办法身者，为四智故，故为智慧身。《时轮》说为太阳身，亦名为智慧太阳轮，盖取其喻义。如是智身示现事业，于十方无量世界，乃成为色身。于三有未空中不断示现，是当赞叹之身秘密。
其语业者，则如人天任运之鼓声，为除有情烦恼故，发出世、出世间欢喜增长之法螺语，不假功用，而能遍于虚空，令尽其所有众生，皆得闻之，是当赞叹之语秘密。
其心业者，则如摩尼宝，离一切垢，以妙观察智及成所作俱有故，虽无少许戏论，然于具戏论菩萨、二乘、异生前，能令其心中所有希求，皆得满足，是当赞叹之心秘密。
如上三秘密业成办事业，尽其所有众生，一切烦恼皆为转变，而佛于身语意业智上过患无有，安住无染，如太阳光，虽然照于宝山、地基，及不净尸林等处，令光令热，然彼等染污，不能染及太阳真实。《真实名义经》：
安住虚空中， 认持大牟尼，
广大如意树， 文殊胜宝瓶，
佛如是利众。
《宝性论》云：
自性身五相， 总有五功德，
具五种应知， 无畏及无别，
远离于二边， 烦恼所知定，
三障中解脱， 无垢无分别，
是诸瑜伽境， 智慧普遍故，
常故而光明。
如上说智慧身已。又佛事业者，经有云：
帝释鼓鸣及梵天， 太阳与彼摩尼宝，
如来有如琵琶声， 又如虚空如大地。
龙树云：
诸佛法住处， 认持诸行果，
悉皆已转变， 此诸为法身，
习气解脱难思议， 流转习气有思维，
佛之功德难思议， 任何人也不能知，
超越言诠所行境， 非诸根等所行境，
如来意智所通达， 于任何处我皆赞，
涅槃心无垢， 诸有情无体，
彼体佛行境， 菩提心增长，
极无垢法身， 无垢法身中，
安住智慧海， 如各种摩尼，
从彼利有情。
如上可证。
又阿阇黎月称论师云：
寂静之身如摩尼明显， 心无分别如彼如意宝，
众生未尽常住于世间， 能仁一时等流离戏身，
色身刹那功德显现时， 明显了别正法出生理，
无余示现作无余宣说。
又云：
殊胜寂静世间未曾有， 尽虚空界未曾通达时，
智慧佛母与大悲乳母， 认持涅槃能仁世稀有。
可引证，如上密宗道理，与龙树、无著，月称等所建立佛果，无有差别。为除邪分别故，故于此引证；于我本人，则毫无疑心。如上为自己，自心，法身，净与不净之理，为立论根本。《宝性论》云：
如是性等具无垢， 自修能修信心等，
自然显现圆满佛， 行住坐卧四威仪，
各种皆具大庄严， 说则具足寂静法，
不说安住平等位， 示现各种之变化，
具足事业大威光， 由诸有情现有故，
苟能具足希欲乐， 于彼菩萨道上行，
取彼真实以为因， 获得所求之地位，
佛无分别无动摇， 虽然如是能入世，
由彼大义而安住， 此则为自心显现，
各各异生不知故， 如是乃见彼色身，
彼等亦具大义利， 由彼渐次见佛已，
于诸乘中得安住， 渐次于彼正法身，
由慧眼开而现见。
如上所云，生起胜解，故我恭敬、礼赞诸佛。本论既完，当为回向。
#### 丁二、回向
颂云：
甚深内义所叙述 所有一切善业力
回向等虚空众生 圆满速得智慧身
一切密续中甚深义，不可思议，愿等虚空众生，皆从生起智慧资粮之因，而获得如来智慧身。
#### 丁三、当请忍赦
颂云：
如有不敬之过失 求空行众忍赦之
于派别见舍已，然或有一句半句义，于薄伽梵有失恭敬处故，当请空行忍赦；非有罪犯戒，而有请忍赦也。此中言空行者，为法主故。如《喜金刚》云：
已得灌已，若不秘密，则空行不喜；然完全不说，亦犯戒无疑。
如是所云，本人著此，毫不犯戒，本人亦非无知无识，亦非我慢、矜夸，故非犯戒而请忍赦也。为今彼等能阅甚深典籍故，而毫不滞过，以著此。如上已述十二品。今当略摄其义。如上宣说之甚深内义之二谛无分别，为正见；于气、脉、明点约束以方便，成办一切事业，为正行；其现证如来藏，为正果。彼前造论者，或仅一分通达，如解析句义不善巧，各种经论未遍阅，则以本论有不顺处，生起毁谤，望勿如是。又疑诸菩萨、诸大善巧，典籍互有出入，显密相违者，亦望舍之。
经颂云：
离诸戏论金刚乘众说， 密宗主要时轮名普称，
天人中脉将五根心气， 各别摄已所执相已断，
现量证得一切法空中。
影相一切法为金刚阿瓦都帝所显现，如镜中看光。此中具足五支静虑心，成无分别心，骑彼五大种气，为能取、所取之依。离戏论无生，五智三金刚命力成已，气修到究竟，心气作用自在，由此有障红白界可以调伏。由降菩提心，成办无生，认持无漏大乐。所依中脉轮中执持安乐领纳力，此即大乐心气无二。
自所修本尊显现，证得身空影相，可以断除分别。其无生本尊身，如幻数数忆念修习；由三摩地力于有情界及佛刹行光明普遍，如雪供施，成办广大资粮，净除罪垢；如是修已，蕴界处一切垢染离开，无生三摩地支分究竟，是为无生心气无二。
又大乐心气无二，由拙火道基础修已，道全体圆满，即依加行六支、五次第诸续所载而修，连同手印道，一切受持而达到无生心气无二。
又无生心气无二者，为双运瑜伽道，即大乐与无生果，两两双运。能修者为大手印，由此大手印六支道，可离六界障。离地界垢，为三有一切清净轮种。离水界垢，为大乐莲花种。离火界垢，为大乐宝生种。离风界垢，清净烦恼为剑种。离空界垢，为智慧身，无分别金刚种。离智慧垢，为能断无知钺刀种。
五俱生智因中大乐兼带而有，若无则乐道虽修不生果。明点烧融及气微细瑜伽，彼等若无心气无二，则圆满果不能证得。
经云：
莲花之中明点者， 行彼证得分别位。
此修多罗皆开示灌顶， 文殊与彼大悲水所生，
除恼智慧花园极茂盛， 远处取来雪山用功经，
与彼龙树莲花生大士， 水源无二相合于众前，
为利自他明显而著此， 决定能显众生如来藏，
彼得闲暇人身而龙头， 于诸典籍惟相似了知，
具舌与喉虚扬其声音， 解析佛典唯上头花鬘，
见行各种下身不庄严， 本论则非与彼等可比，
集诸佛子金刚乘句义， 如彼宫殿具足宝庄严，
佛藏自在如彼帝释者， 通达了知真实庄严鬘，
语句放出无垢之光明， 天人有情所欲皆赐予，
如秘密主所述而宣说， 具眼人前宜舍离执着，
二谛无别彼圣者所示， 福慧无别牟尼自戴顶，
为生自他二利之本因， 由此片善愿诸有情众，
通达现证甚深之真实， 自如来藏速开显光明。
密宗无倒通达，对于《甚深内义》解析者，让蒋多杰，由世、出世一切功德庄严，善知识释迦依怙劝请，又善知识茆蓬自在亦劝请，乃于具足增长时于大乘法前，生起胜解。属牛年第二月，造于乌金堪布莲师大修法处。
吉羊圆满。《甚深内义》广注终。